Katakana bei Wörtern, die eigentlich in Kanji oder Hiragana geschrieben werden, ist praktisch immer Betonung oder anderweitige Heraushebung. koto findet man in den meisten fällen (auch im Manga meistens) normal als こと seltener als Kanji oder Kana. Das hängt aber auch vom Manga ab natürlich.
Es gibt des Weiteren einfach eine normale "Einigung" darauf, welche Wörter tendentiel als Kanji geschrieben werden und welche nicht. Bei 持つ denke ich, sehe ich gut drei Viertel davon als Kanji und nur ein Viertel davon als Kana, aber das ist nur mein Sprachgefühl. Es gibt des weiteren Wörter, bei denen in bestimmten Situationen Kanji wichtig als Konkretisierung der Bedeutung sind, beispielsweise ある vs 在る und 有る. Wir dürfen dabei aber nicht vergessen, dass Japanisch auch eine gesprochene Sprache ist, in der es nicht drei Varianten der Aussprache gibt, wie schriftlich

Die meisten Sätze funktionieren im Endeffekt auch immer "anders". Man kann gesprochenes auch fast komplett unmissverständlich nur in Hiragana schrieben. Kanji helfen aber der Übersicht beim Lesen und hält man sich nicht an den "allgemeinen Kodex", fällt man einfach auf.
Mein Tipp: Merken und Kopieren was man antrifft, wenn man etwas nicht weiß, greif ich tendentiel zu Kanji.