Sprachlich:
1) Ja, das bedeutet Tempelüberlieferung. Die Lesung ist じでん.
2) Es handelt sich um einen Namen, En-no-gyôja Ozuno, den (legendären) Gründervater des Tempels (kaizan suru bedeutet einen Tempel zu gründen).
3) Statt des Kommas könnte hier auch ein weiteres to stehen, das bleibt in der Bedeutung gleich.
4) 院 ist ein Synonym zu 寺.
Inhaltlich:
1) Konnte ich auch nicht viel dazu finden, ein Blog (
http://tempsera.at.webry.info/201110/article_30.html) listet aber diese sieben auf: 叡山、比良山、伊吹山、愛宕山、金峰山、葛城山、神峰山. Die Lesung dürfte kôzan sein.
2) 石 bezeichnet das Einkommen der zum Tempel gehörigen Ländereien, wie genau das aber bemessen wird, weiß ich auch nicht. Ist jemand schlauer?
3) Auch hier wieder ohne jede Garantie, aber ich verstehe das so, dass dieser Tempel zu den Haupttempeln der Tendai-Sekte gehört. Welche Bedeutung genau ein 根本山 in der Tendai-Sekte hat, weiß ich nicht, aber wenn Du Dir den japanischen Wikipediaeintrag zur Sekte anschaust, werden verschiedene Tempel verschiedenen dieser 山-Namen zugeordnet, manchmal mehrere auf einen 山, bei 根本山 steht hingegen nur der Kabuzanji.