Einzuschätzen, inwiefern bestimmtes Vokabular einen praktischen Nutzen hat, ist tatsächlich nicht immer so einfach. Auf der einen Seite will man zwar neue Wörter (mit neuen Kanji) lernen, auf der anderen Seite aber auch nicht übermäßig "Gehirnkapazität" für Vokabeln verbrauchen, die man wohl nur höchst selten wirklich nutzen wird.
Eine Möglichkeit wäre, die Vokabeln in die Beispielsatz-Suche einzugeben. Das kann man zum Beispiel auf der zuvor bereits genannten Seite jisho.org, bei der
Satzsuche vom weblio oder auch auf
WebSaru.org tun. Beim Durchlesen der Sätze sollte man schon größtenteils bemerken, ob es sich bei der gesuchten Vokabel um Alltagswortschatz oder irgendwelche veralteten Wendungen bzw. Fachsprache handelt.
Ich habe bisher noch kein Online-Wörterbuch (Japanisch-Englisch oder Japanisch-Deutsch) gesehen, das Unterschiede in den Nuancen zwischen zwei auf den ersten Blick "gleichen" Wörtern erklärt. Da muss man wohl oder übel auf ein Japanisch-Japanisches Wörterbuch zurückgreifen, vorausgesetzt natürlich, man hat die nötigen sprachlichen Fähigkeiten.
Wie du siehst, ist das Ganze unter Umständen ziemlich zeitraubend und auch umständlich. Ich bin daher ganz Hellstorms Meinung. Ab einem gewissen Punkt macht es nicht mehr so viel Sinn, Kanji und Komposita kontextbefreit zu lernen. Beim Lesen von Lehrbuchtexten oder (einfachen) japanischen Texten aus dem Internet oder aus Büchern stößt man auch immer wieder auf neue Kanji und Vokabeln. Anhand des Kontexts, in dem sie erscheinen, kann man in so einem Fall aber besser abschätzen, ob es sich "lohnt", sie zu lernen.