In JiS kommen wirlich nicht viele Kanji vor -- und ehrlich gesagt, hab ich auch nicht so den großen Plan, nach was die ausgewählt worden sind. Außerdem finde ich die Erklärungen dazu verwirrend und unvollständig...
Aber zumindest ist der Rest vom Buch sehr schön aufgemacht

Ich hatte JiS auch bis Band 2B, aber meine Kanji hab ich hauptsächlich aus dem "Kanji und Kana" von Langenscheidt. Da hab ich dann vorne angefangen und mich dann nach hinten gearbeitet. Wenn du wirlich Kanji lernen willst, würde ich dir auch raten, neben den wenigen Kanji, die in JiS vorkommen noch zusätzlich Kanji zu lernen. Dabei kommt's dann auch immer drauf an, welches Ziel du dir dabei steckst. Du kannst zum Beispiel so anfangen, dass du erst alle Kanji des JLPT (Japanese Language Proficiency Test) des vierten Levels (einfachste Stufe) lernst und dich dann dementsprechend hocharbeitest. Oder du sagst, dir ist der Test egal, weil du ihn eh nicht machen willst und lernst die Kanji nach dem Langenscheidt Buch.