Hmm, ich bin nicht ganz sicher, ob ich dich richtig verstehe bzw. ob deine Beschreibung nicht etwas ungenau ist?`
Man kann das IME so einstellen, dass die einzelnen Tasten die Hiragana direkt schreiben (wie unser Alphabet), dann würde aus den Tasten "T" und "A" nicht た sondern かち (T=か + A=ち) - meinst du das vielleicht?
Bei mir befindet sich die Einstellung rechts neben der Hilfe, dort befinden sich zwei Buttons übereinander (CAPS + KANA). Wenn du "Kana" anklickst kannst du das Verhalten ändern. Wahrscheinlich gibt es auch ein Tastaturkürzel, welches ihr vielleicht versehentlich aktiviert habt?