Kana musst du einfach lernen. System und Zusammenhang gibts da noch nicht viel, es sind einfach Schriftzeichen für laute, wie das Alphabet auch, und da gibt es auch kein System zwischen Aussehen des Buchstabens und der zugeordneten Phonetik. Viel Spass bei Katakana mit ツ und シ
Natürlich sind diese Zeichen nicht von alleine entstanden, im Langenscheidt Kanji und Kana findest du Ableitungstafeln dazu, nur hat das nichts mit Kana lernen an sich zu tun und ob es dir weiterhilft zu wissen oder zu sehen von welchem Kanji das Zeichen herkommen soll, wage ich mal zu bezweifeln.
Ich hatte beim Kana lernen viel Spass mit einem Spiel namens "Slime Forest", jrpg geht auch, und ansonsten setzt du dich halt morgens und abends bzw. wann immer du Zeit und Lust hast mal hin und schreibst die Kana-Tabelle mal auswendig auf. Wenn du die Tabelle komplett schreiben kannst weisst du dass du jedes Zeichen kannst und vor allem kennst du dann auch schon die Reihenfolge.