a) Nun mit dem Auto dauert es seeeeeeehr lange. Wenn Du zusätzlich noch im Stau steckst, dann kannst Du locker mal 2-3 Stunden einplanen. Die meisten fahren mit dem Zug zu einem Bahnhof in der Innenstadt von Tokyo und lassen sich dort abholen, weil es viel schneller geht.
b) Nun, Tokyo und Yokohama sind zwei verschiedene Städte.
Wenn Deine kinder auf die deutsche Schule in Yokohama gehen sollen, dann wird es wohl besser sein nach Yokohama zu ziehen und nach Tokyo zu pendeln.
Geh mal auf
http://maps.google.de/maps und kopiere mal folgendes in das Adressfeld:
aa) "Tōkyō, 日本港区南麻布4丁目5−10": für die deutsche Botschaft
bb) "Yokohama, 都筑区茅ヶ崎南2−4−1": für die deutsche Schule
Wird zwar auf Japanisch angezeigt, aber Du weißt ungefähr, wo sich die einzelnen Einrichtungen befinden und kannst auch die Abstände berechnen lassen.
c) Was die Preislage Deiner Wohnung angeht, da können wir Dir wahrscheinlich nur unzureichende Informationen geben. Ich habe einmal jemanden kennengelernt, der in einer 3-Zimmer-Wohnung in Urayasu (auch außerhalb von Tokyo) gelebt hat. Für diese musste er fast 2500,-Euro/Monat berappen. Das ist jenseits des normalen Studenteneinkommens.