Ich weiß ehrlich gesagt nicht, wo dein Problem liegt. Was bedeutet "umal sich die Irritation auch auf die deutsche Tastatur erstreckt"?
Nein, wenn du eine deutsche Tastatur hast, dann ist das Y und das Z dort, wo Y oder Z drauf steht. Hast du IME auf das japanische Tastaturlayout umgeschaltet - unabhängig davon, ob "Direct input" oder "Hiragana" oder sonst etwas anderes eingestellt ist - dann sind diese beiden Tasten vertauscht. Zudem sind natürlich einige andere Tasten auch anders belegt, z. B. Sonderzeichen, Umlaute etc. pp. Welche Eingabe du gerade aktiviert hast, kannst du an "DE" (Deutsch) oder JP (Japanisch) in der Eingabegebietsschemaleiste erkennen.
Ich glaube, unter WinXP gab es noch eine virtuelle IME-Tastatur, über welche du einerseits auch Zeichen eintippen, aber auch schauen konntest, welches (Sonder-)Zeichen auf welcher Taste liegt. Unter Win7-IME kann ich sie leider nicht mehr finden.
Ansonsten schau dir doch mal die Hilfe von IME und IME-Japanisch an, dort stehen viele Tipps und Infos zur Verwendung. Auch hier im Forum gibt es eine Fülle von Beiträgen, die sich mit der Verwendung von IME auseinandersetzen. Nutze bitte auch einmal die Forumssuche etwas intensiver.
Nachtrag:
Öffne mal die Bildschirmtastatur unter
Start - Programme - Zubehör - Eingabehilfen - Bildschirmtastatur
Wenn du mit geöffneter Bildschirmtastatur auf IME-JP umschaltest, solltest du die jeweils aktuelle Tastaturbelegung sehen können. Zumindest unter Windows 7 funktioniert das.