Naja, wenn du nur 1 Woche hast, dann lohnt es sich kaum, woanders hinzugehen (aka größere Ausflüge).
Bedenke nur (gerade weil es dein 1. Mal in Japan ist): Tokyo =/= Japan!
Ich lebe z.B. seit 4 Jahren auf dem Land (ca. 1000km weg von Tokyo) und das sind wirklich zwei verschiedene Welten.
In Tokyo selbst ist das Zug fahren sehr einfach. Du könntest die "typischen" Tagesausflüge nach Nikko oder Hakone machen, wenn du nach ein paar Tagen aus Tokyo raus willst
Bis nach Kyoto/Osaka runterfahren lohnt sich nicht, das würde ich dann eher auf ein anderes Mal verschieben.
Wobei es ja auch nicht immer die üblichen Touristenorte sein müssen! Es gibt so viele interessante Orte hier in Japan, z.B. auf Shikoku, Kyushu oder Teilen von Chuugoku - von denen ausländische Touristen kaum was gehört haben (teilweise noch nicht mal die Japaner *g*). Ich war z.B. von Tottori und Shimane begeistert.
Viel Glück und Spaß bei deiner 1. Japanreise!