日 hat als „offizielle“ Lesungen ニチ、ジツ、ひ und か. (二千 sind übrigens beides Kanji und bedeutet 2000
Vergleich mal ニチ und 二千 )
Allerdings darf man sich an diesen Lesungen nie 100%ig aufhalten. Es gibt noch sogenannte なのり, die werden in Namen verwendet. Darunter befindet sich auch に. Trag das Kanji mal bei bibiko.de/kanji ein, da siehst du das. Ansonsten werden die Lesungen auch mal verändert (Ein ganz typisches ist das Hinzufügen der beiden Striche (だくてん, wie unten bei 中国), das Umwandeln eines Zeichen in ein kleines っ (keine Ahnung wie das gerade heißt) oder auch Vokaländerungen (あめ + かさ wird zu あまがさ, Regenschirm))
Selbst diese Nanori geben nicht alle Lesungen wieder. Manchmal ist es auch komplett unregelmäßig. Das ist der Fall bei 日本. Ist mir ehrlich gesagt noch nie aufgefallen.
Das was du da im zweiten Teil beschreibst ist doch eben nicht so.
Ein Beispiel mit deinem Zeichen: Du siehst irgendwo 幽霊 (ゆうれい, „Geist“). Ich würde dir in diesem Fall raten, nicht die Kanji zu lernen. Die sind zu kompliziert und du wirst sie am Anfang sowieso nicht merken können. Dann ist es sinnvoller, nur die Vokabel ゆうれい zu lernen. Die wirst du dir am Anfang wahrscheinlich auch nicht merken können, allerdings hilft es für später schon, sie mal gelernt zu haben. Die Vokabel ゆうれい ist aber im Grunde nichts anderes, als würdest du im Englischen „ghost“ lernen.
Wenn du allerdings irgendwo 中国 (ちゅうごく, China) siehst, dann spricht nichts dagegen, da nicht auch die Kanji zu lernen. Die sind sehr simpel und gehören auch zum „Grundkanjischatz“.
Jetzt ist natürlich die Frage, wie man das entscheiden kann: Tja, schwierig. Meistens hilft erstmal die Regel: Je komplizierter, desto unwichtiger. Das stimmt nicht immer, aber wenn du die einfachen Kanji nicht kannst, wirst du dir die Schwierigen nicht merken können.
Und wie man die dann lernt: Ich würde nachschauen (bibiko.de/kanji), was die einzelnen Zeichen bedeuten und welche Komposita es vielleicht noch gibt, aber das nicht aktiv lernen. Nur mal anschauen, damit du ein Gefühl hast, was die Kanji auch bedeuten.
Zum Kanji lernen an sich: Einfach nur graphisch schreiben. Du kannst dir niemals alle Komposita und Lesungen zu einem Kanji lernen. Das kommt mit der Zeit. Schreib dir auf dem Papier
beide Kanji 中国 auf, bis du sie aus dem Kopf schreiben kannst. Schreib dir auf Karteikarten auf der Vorderseite 中国 und auf der Rückseite ちゅうごく u. China auf. Wenn du dann die Karteikarten überprüfst, schaust du dir 中国 an und denkst dir „Hm, wie war denn jetzt die Lesung? Und was bedeutet das überhaupt?“. Umgekehrt hast du dann auf der Karteikarte „China“ stehen und denkst dir dann „Hm, wie hieß das noch mal auf Japanisch? Ah, ちゅうごく. Und wie schreibt man das jetzt.... Ah, 中国“.
Im Grunde nicht anders als würdest du Englischvokabeln lernen, außer dass man zwei Antworten hat.