Es gibt wie rhaessner bereits erwähnt hat, in Japan wirklich gute Sachen, wie z.B. Nikko.
Da du uns nicht verrätst, was dich interressiert, schau doch mal auf Japanguide nach:
http://www.japan-guide.com/
Das neue Design der Seite verleitet immer auf Berichte oder Werbung zu klicken, wenn du jedoch unten auf die Karte clickst eröffet sich dir die Welt der meisten japanischen Sehenswürdigkeiten.
Die Geheimptips dazu gibt es dann natürlich hier im Forum.
Die Krönung ist es natürlich, wenn du es schaffst ein Matsuri bzw. japanisches Fest oder ein Feuerwerk in den Reisezeitraum zu legen (aber vorsicht Hotels und Züge können ausgebucht sein).
http://hanabi.walkerplus.com/ sowas hast du in deinem Leben noch nicht gesehen!
Für Osaka, Tokyo, Kyoto, Fukuoka selbst brauchst du keinen Railpass. Der Pass lohnt nur für lange Strecken oder weite Sernfahren. Versuche also die langen Strecken in einen möglichst kleinen Zeitraum mit Railpass zu legen. Dabei lohnt es sich wenn du Glück hast auch einen Gabelflug oder ein in Deutschland gebuchter Inlandsflug.
Wann sich ein Railpass für dich lohnt verrät dir Hyperdia.com
Damit kannst du auch sehen, wann du mit JR einen halben Tag länger brauchst oder nur Privatbahnen fahren.
Wie bereits erwähnt ist es auch wichtig bei Rundreisen, an so wenig Orten, wie möglich zu übernachten und die Welt sterförmig zu erkunden.
Dann wären da noch die Jahreszeiten, die sind viel abgegrenzter als bei uns und haben ihre Reize. Vielleicht möchtest du auch die Regenzeit oder Taifunzeit meiden.
Internet ist auch nicht dumm, dammit man am Ruhetag nicht vor der Türe steht: Das Firefox Plugin Rikaichan kann dabei Wunder bewirken, besonders, wenn man schon ein wenig Japanisch kann, auch für den Link oben.
Mit der Sprache solltest du keine Probleme haben. Bis 2017 kannst du im Internet mit den Materialien der Japan Foundation wie "Let's learn Japanese", Marugoto, Erin ... auf eine ansehlnliche Kommunikationsfähigkeit kommen, ohne dass du viel dafür lernen musst.