Hallo!
Also ich hab das nicht so explizit gelernt oder irgendwo Regeln nachgeschlagen, aber die häufigste Verwendung im Alltag kann ich dir erklären:
"tonari" geht in Richtung "Nachbar" oder "das daneben", "das nächste". Du kannst also "tonari no haisha-san" sagen und meinst den Zahnarzt um die Ecke; "ojiisan no tonari ni suwatte" ist dann "setz dich neben den Onkel".
"soba" ist die Umgebung, vergleichbar mit "kinpen" (Auch ein Wort für Nachbarschaft), allerdings hört man "soba" am häufigsten bei Personen. Also z.B. in Liebesliedern "zutto soba ni ite" = "bleib immer in meiner Nähe".
"yoko" hat eigentlich eine Verbindung zu "waagerecht". Das Kanji kommt auch in "yokohama" vor (das ist dann der liegende Strand). "yoko ni naru" heisst ja auch "sich hinlegen" ("waagerecht werden"). Es ist gut möglich, dass man das irgendwie auch als "neben" verwenden kann, ich kenne es so aber nicht.
Hoffe, das hat etwas weitergeholfen.